Die Richtlinie hat zum Ziel, die durch Nitrat aus landwirtschaftlichen Quellen verursachte oder ausgelöste Verunreinigung des Grund- und Oberflächenwassers zu verringern und weiterer Gewässerverunreinigung dieser Art vorzubeugen.
Die Mitgliedsstaaten sind der Richtlinie zufolge außerdem verpflichtet, nationale Aktionsprogramme zur Verminderung der Nitratbelastung für eine Periode von jeweils vier Jahren aufzustellen. In Deutschland wurde diese Verpflichtung über einen neuen Paragraphen 62a ins Wasserhaushaltsgesetz übernommen. Die Nitratrichtlinie wird in Deutschland flächendeckend überwiegend durch die Düngeverordnung umgesetzt.
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